Кош-Агач находится в алтайских горах – на высоте почти 1 800 метров, практически на границе России с Монголией. От поселения до Монголии всего около 60 км. Село является административным центром Кош-Агачского района. Район Кош-Агача считается одним из самых холодных в республике. Здесь во многих местах господствует вечная мерзлота, а отрицательные температуры наблюдаются на протяжении семи месяцев. Расположенность в Чуйской степи и приближенность к Монголии, влияют на погодные условия села, делая их похожим на климат монгольских полупустынь