Гиждуван упоминается в исторических летописях, начиная с X века. Был значимым базарным селением. С XVI века при узбекской династии Шейбанидов Гиждуван стал городом-крепостью. Торговые пути, проходящие через регион, позволили сохранить это значение и городу на протяжении всей эпохи Бухарского эмирата (1758—1920).